El Patio del Archivo se construyó durante la remodelación barroca llevada a cabo por la undécima propietaria del palacio, Ana Rafaela Fernández de Mesa y Argote (1737-1788), responsable también de la reforma del Patio de la Madama. Pero aunque la construcción es del siglo XVIII, ocupa un solar que era parte del núcleo original del palacio, del siglo XV.

Se trata del patio más interior de Viana y es un ejemplo del Barroco cordobés más sobrio. La discreta jardinería está pensada para no romper la armonía creada por las paredes blancas y el juego de puertas y ventanas azules. Por este motivo, y al contrario que en otros patios, no hay plantas trepadoras que cubran los muros.

Dichas paredes son asimétricas y dos de ellas tienen las puertas ligeramente desplazadas para crear un eje visual que conecta este patio con el Patio de las Rejas, es decir, el corazón de la vivienda con el exterior, reflejando la apertura y el cambio de mentalidad de la época.

La fuente central de azulejos pone la nota de color a este recinto, pero sin estridencias ni alterar la función para la que fue construido: aportar al palacio luz y tranquilidad.

Con Ana Rafaela Fernández de Mesa se realizaron también las dependencias para custodiar uno de los mayores tesoros de Viana: el archivo histórico, que se encuentra en la entreplanta y da su nombre al patio. De este hecho informa una nota encontrada en el mismo que dice: “En 29 de agosto de 1765 se empezó a componer el archivo de la casa de mi señora, la marquesa de Villaseca. Gana cada día Pedro del Río 6 reales de vellón y se paga por semanas”.